Esta é a primeira vez que autoridades paquistanesas divulgam detalhes sobre o material nuclear passado pelo cientista para o Irã.
O ministro da Informação do Paquistão, Rashid Ahmed, disse à BBC que "umas poucas" centrífugas estavam envolvidas.
O Irã está sob pressão internacional por causa de seu desejo de prosseguir com seu programa nuclear.
O ministro paquistanês reiterou nesta quinta-feira que seu governo não tinha conhecimento das atividades de Khan.
No mês passado ele rejeitou notícias de que os Estados Unidos buscavam saber se Khan vendeu segredos nucleares para nações árabes.
Países europeus e as Nações Unidas se uniram recentemente aos Estados Unidos em suas críticas ao Irã por supostamente não cumprir sua promessa de suspender o enriquecimento de urânio.
O diretor da Agência Internacional de Energia Atômica (AIEA), Mohamed El Baradei, disse neste mês que "a bola está totalmente no campo do Irã para que o país esclareça sua posição".
Os Estados Unidos acusamo Irã de cinicamente tentar desenvolver armas nucleares, mas o governo iraniano insiste que seu programa tem objetivos pacíficos.
'Proliferador'
Os Estados Unidos disseram que Khan é o "maior proliferador" de tecnologia nuclear.
O cientista deixou os paquistaneses chocados em meados do ano passado quando foi à televisão confessar ter passado segredos nucleares.
Khan disse que assumia total responsabilidade pela proliferação de armas nucleares para o Irã, Líbia e Coréia do Norte.
Khan manteve o cargo de assessor científico desde que se aposentou como chefe da principal instalação nuclear do país em 2001, mas foi demitido depois que fez sua confissão.
O cientista está virtualmente sob prisão domiciliar.
Embora o governo tenha passado a informação sobre suas antigas atividades à Agência Internacional de Energia Atômica, as autoridades paquistanesas não permitiram que estrangeiros conversassem com Khan.