Um comunicado do Escritório para Coordenação para Assuntos Humanitários da ONU disse que o governo justificou os ataques dizendo que eles seriam direcionados a grupos rebeldes.
As milícias árabes pró-governo, Janjaweed, continuam atacando os refugiados no sul de Darfur, diz também o relatório.
A ONU afirma que, apesar de o governo ter prometido melhorar as condições de trabalho das organizações assistenciais, o ambiente piorou na última semana.
Perseguição
Vôos do Programa Mundial de Alimentação foram impedidos de decolar para a região sem mais explicações, por exemplo.
A ONU também acusa o governo sudanês de pressionar os refugiados a retornarem para suas vilas, apesar da falta de segurança.
"Entrevistamos pessoas em hospitais que disseram ter voltado para suas vilas e terem sido atacadas pelos Janjaweed", disse o porta-voz da organização, Peter Kessler.
O departamento de Estado americano disse estar investigando a acusação de que o governo do Sudão estaria perseguindo refugiados que falaram com o secretário de Estado, Colin Powell.
A acusação foi feita pela Anistia Internacional.