Remissainthe foi um dos chefes da rebelião, ocorrida no início ano passado, e que culminou com a saída do ex-presidente Jean-Bertrand Aristide do poder.
Aristide deixou o Haiti e se refugiou na África do Sul.
Remissainthe, um ex-sargento do Exército, estava sendo procurado por supostas ligações com o assassinato de quatro policiais em fevereiro.
Ele também é acusado pelo governo haitiano de orquestrar ataques contra delegacias de polícia.
Bandos rivais
Autoridades apoiadas pelas tropas de paz das Nações Unidas estavam procurando Remissainthe há várias semanas.
Um funcionário da ONU, Carlos Chagas, disse à BBC que a intenção era prender Remissainthe em vez de atirar nele.
Mas segundo Chagas, no ato da captura houve um tiroteio entre a polícia e o ex-líder rebelde.
Desde a saída do ex-presidente Jean-Bertrand Aristide do poder, o Haiti tem enfrentado momentos de violência por parte de bandos rivais que continuam fora de controle.
O ex-líder rebelde lutava para que o governo haitiano restabelecesse o Exército, que foi abolido em 1994.
Remissainthe e outros líderes rebeldes também esperavam receber "algum tipo de retribuição" pelo papel que desempenharam na revolta contra Jean-Bertrande Aristide.
O grupo de pesquisa Small Arms Survey, cuja sede fica em Geneva, criticou a missão de paz da ONU no Haiti por não fazer o suficiente para desarmar bandos rivais.
A missão de paz é liderada pelo Brasil.
De acordo com o grupo, se os grupos armados não forem desmantelados em caráter permanente, o círculo vicioso no Haiti irá continuar.