"É um ataque terrorista que tem o objetivo de provocar violência sectária", disse o imã xeque Saleh al-Haidari.
Os minaretes desabaram depois que duas bombas explodiram, às 9h, horário local.
O templo abriga um de dois túmulos em Samarra de importantes imãs xiitas, e atraem peregrinos de várias partes do mundo.
A destruição do domo dourado, no mesmo templo, em fevereiro de 2006, deu início a uma onda de violência sectária no Iraque.
Samarra é um reduto muçulmano sunita e tem sido um centro para a insurreição armada contra tropas americanas e o governo iraquiano, dominado ppor grupos xiitas.
Toque de recolher
Depois das explosões, a polícia no local teve que dar tiros ao ar para que manifestantes xiitas revoltados com o incidente mantivessem distância.
As autoridades impuseram um toque de recolher em Samarra e enviaram reforços do Exército e da polícia do Iraque para a área.
O governo também impôs um toque de recolher em Bagdá, temendo uma nova eclosão de violência sectária, na capital.
O premiê do Iraque, Nouri Maliki, também pediu às forças de segurança dos Estados Unidos para enviar mais soldados para o subúrbio da cidade e colocar as tropas em Bagdá em alerta.
Foi decretado ainda estado de emergência em Najaf, onde fica outro importante santuário xiita. O clérigo xiita radical Muqtada Sadr declarou três dias de luto.
"O que é que o governo faz para proteger os túmulos?", ele perguntou em uma nota.
Sadr também pediu manifestações pacíficas "para demonstrar que o único inimigo do Iraque é a ocupação, e é por isso que todos precisam exigir a partida (das tropas estrangeiras)".
Descendentes do profeta
O santuário de Al-Askari é parte do mausoléu do imã Ali al-Hadi, que abriga os despojos dos 10º e 11º imã, considerados descendentes direitos do profeta Maomé.
O imã Ali al-Hadi morreu em 868 e seu filho, Hassan al-Askari, morreu em 874.
O ataque em fevereiro do ano passado é atribuído a militantes sunitas do movimento Al-Qaeda. Alguns suspeitos acabaram sendo presos.