Qual será o destino do ex-ditador ainda é uma discussão que não tem resposta definida. Inicialmente a coalizão declarou querer julgá-lo em uma audiência aberta, inclusive com transmissão pela TV. Contudo, especialistas dizem que isso provavelmente não vai acontecer por medo da própria coalizão. Saddam foi aliado dos Estados Unidos e então ele teria muitos detalhes para revelar sobre essa ligação do passado, que teriam efeitos indesejados e desastrosos para o governo norte-americano.
O Conselho de Governo Iraquiano quer que ele e seus antigos aliados sejam julgados por um tribunal iraquiano, com base nas suas próprias leis. Nesse caso, seria usada a lei do "olho por olho, dente por dente", presente na cultura muçulmana (apesar do Iraque ser, por Constituição um Estado laico) e certamente a pena de morte seria sua sentença.
Esse tribunal seria especialmente criado para julgar membros do antigo regime e seria composto de juizes escolhidos pelo Conselho. O problema nesse caso seria a influência indireta da coalizão norte-americana, visto que é ela que escolhe os membros do Conselho.
Um dos principais crimes que Saddam vai responder será a campanha contra os curdos nos anos 80 (incluindo o uso de gás letal sarin); na supressão das revoltas dos curdos e da população xiita depois da primeira Guerra do Golfo; além de crimes cometidos durante a guerra contra o Irã e o Kuwait.
Ainda há os que querem julgar Saddam em um tribunal internacional, como alguns grupos de direitos humanos, de acordo com a Convenção de Genebra, sobre os crimes de guerra. Nesse caso, ele ficaria livre da pena de morte e não haveria nenhuma influência dos norte-americanos na escolha dos juizes.
O julgamento dele deve ser feito antes do final do ano.