Oriunda da fusão de cinco clubes da colônia portuguesa – Luzíadas, Lusitano, Marquês de Pombal, Cinco de Outubro e Portugal Marinhense -, a Portuguesa começou suas atividades com o nome Associação Portuguesa de Esportes, no dia 14 de agosto de 1920. A data não foi escolhida por acaso: foi neste dia, em 1385, que Portugal venceu a Batalha de Aljubarrota, livrando-se do jugo da Espanha, dando início à Dinastia de Avis, que tem a sua cruz no distintivo da Lusa.
Para disputar o primeiro Campeonato Paulista, em 1920, a Portuguesa teve que fazer uma fusão com o colégio Mackenzie, já que não havia mais vagas disponíveis e o Mackenzie tinha vaga no torneio. No entanto, do colégio estava apenas o nome, já que o uniforme e o elenco eram da própria Lusa. A parceria durou por mais dois anos. Em 1923 o nome Mackenzie desapareceu, ficando apenas Associação Portuguesa de Esportes, denominação que durou até 1940, quando passou a se chamar Associação Portuguesa de Desportos.
A primeira sede do clube ficava no Cambuci, passando ainda pelo Largo São Bento, até chegar ao estádio do Canindé, adquirido junto ao São Paulo, pelo então presidente Oswaldo Teixeira Duarte, que dá seu nome à casa lusa desde 1984. Sob a alcunha de estádio Independência, foi inaugurado em 09 de janeiro de 1972, na derrota para o Benfica (POR), por 3 a 1. Coube ao benfiquista Vitor Batista marcar o primeiro gol da história do Canindé.
O primeiro título conquistado pela Lusa foi o Campeonato Paulista de 1935, contra o Ypiranga. No ano seguinte, contra o mesmo adversário, veio o bicampeonato. Faziam parte do elenco ídolos como Batatais e Brandão. O terceiro título paulista viria em 1973, na famosa decisão em que o árbitro Armando Marques errou a contagem na decisão por pênaltis e o título foi dividido com o Santos. Naquele time jogavam Enéas, Basílio e Cabinho, sob o comando de Otto Glória. Neste ínterim a Portuguesa venceu o Torneio Rio-São Paulo em 1952 e 1955, contra Vasco (RJ) e Palmeiras, respectivamente.
Também na década de 1950 foi conquistada, por três vezes, a Fita Azul, prêmio dado pelo jornal A Gazeta Esportiva para clubes brasileiros que conseguissem mais de dez jogos de invencibilidade em excursões para o exterior. Contava, na época, com jogadores como Cabeção, Nena, Noronha, Julinho Botelho, Djalma Santos, Brandãozinho, Pinga, Ipojucã, Simão, Nininho e Renato, que jogaram pela Seleção Brasileira. A Lusa, inclusive, chegou a ter oito dos seus jogadores titulares da Seleção Paulista.
Um fato curioso aconteceu em 1972. A Portuguesa perdeu, no Pacaembu, para o Santa Cruz (PE), e o então presidente Oswaldo Teixeira Duarte promoveu uma reforma radical no elenco, afastando medalhões como Lorico, Marinho Peres, Piau e Ratinho. O episódio ficou conhecido como A Noite do Galo Bravo.
No Campeonato Brasileiro, a maior campanha da história do clube foi em 1996, quando foi vice-campeã, perdendo a final para o Grêmio (RS), no estádio Olímpico, por 2 a 0. Os destaques da campanha foram Rodrigo Fabri, Émerson, César, Capitão, Alex Alves e Zé Roberto, além do técnico Candinho. O fato curioso é que todas as torcidas de São Paulo deixaram de lado a rivalidade e uniram-se para torcer pela Lusa. Foi a primeira campanha lusitana de destaque após a morte do meia Dener, um dos maiores ídolos da história do clube e que estava emprestado ao Vasco.
Dois anos depois, com Evair e Leandro Amaral no elenco, a Portuguesa disputou contra o Corinthians a semifinal do Campeonato Paulista pela última vez. O jogo foi marcado pela polêmica arbitragem do argentino Javier Castrilli, que marcou um pênalti contestado até hoje a favor do Corinthians aos 43 minutos do segundo tempo.
O início do século XXI foi marcado pela série de insucessos da equipe do Canindé, que não se classificou uma vez sequer para a segunda fase do Campeonato Paulista (tabu quebrado este ano). Em 2002 veio o primeiro rebaixamento no Campeonato Brasileiro. Em 2006, caiu também no Campeonato Paulista, voltando no ano seguinte, após a conquista da Série A2, sob o comando de Vagner Benazzi. Em 2008, novo rebaixamento no Campeonato Brasileiro da Série B, apenas um ano depois do retorno, o que motivou uma das torcidas organizadas do clube a manter as faixas de ponta-cabeça, em sinal de protesto.
O protesto, que acabaria somente quando o time voltasse à primeira divisão, foi encerrado uma rodada antes do acesso matemático, quando a Lusa bateu o Vitória (BA) no Canindé por 3 a 2. Foi o ponto alto de uma campanha quase irretocável, conduzida brilhantemente pelo técnico Jorginho, que foi revelado como jogador pela própria Portuguesa.
Uma campanha que marcou a volta da torcida ao Canindé, a ressurreição de Edno, a redenção de Marco Antônio e Ananias, o surgimento de Guilherme e Henrique e a volta da Lusa ao lugar de onde nunca deveria ter saído, além da confirmação do hino, composto por Roberto Leal, segundo o qual a Portuguesa é, agora inquestionavelmente, um time campeão.